抗日戰(zhàn)爭時期，是方山縣黨組織的創(chuàng)建時期，也是方山縣黨組織在艱難困苦的環(huán)境中堅持斗爭，逐步恢復(fù)和發(fā)展的時期。

1936年春，徐海東和劉志丹率領(lǐng)的中國工農(nóng)紅軍抗日先鋒軍紅十五軍團和紅二十八軍東征，途經(jīng)方山21個村莊，宣傳了黨的抗日救國主張，擴大了中國共產(chǎn)黨的政治影響。

1936年底，山西省犧牲救國同盟會（簡稱“犧盟總會”）派第一批村政協(xié)助員到達方山，廣泛宣傳犧盟總會的抗日救國主張，發(fā)動群眾抗日救亡，積極發(fā)展?fàn)廾藭T，建立犧盟會組織，為方山黨組織的創(chuàng)建和抗日救亡運動的蓬勃開展奠定了良好基礎(chǔ)。

1937年8月，省犧盟總會委派白云清為方山縣犧盟特派員。9月，建立了方山縣犧盟分會。與此同時，成立了方山縣動委會。太原失守以后，為發(fā)動全民抗戰(zhàn)，創(chuàng)建晉西北抗日根據(jù)地。11月中旬，中共山西省委委托省戰(zhàn)動總會武裝部長程子華派遣共產(chǎn)黨員曠伏兆以八路軍和犧盟特派員的公開身份（實際為中共方山縣委書記）到方山開辟黨的工作。曠伏兆到達方山后，動員縣城（今方山村）省立第二貧民高小師生中的積極分子和他一道深入鄉(xiāng)村各階層，宣傳中國共產(chǎn)黨抗日救國主張，發(fā)展民眾參加抗戰(zhàn)。同年 12月，組建了200余人的方山縣第一支抗日武裝——方山縣人民武裝自衛(wèi)隊，這時上級黨組織和犧盟總會派來了胡成奎、黃志恒、李欽夫等許多干部來到方山縣，其中胡成奎、黃志恒分別任自衛(wèi)隊的隊長和指導(dǎo)員，李欽夫任犧盟特派員。120師教導(dǎo)團政治連在方山縣城建立了兵站，設(shè)立了辦事處。曠伏兆與他們密切配合，在打富濟貧、攤派合理負(fù)擔(dān)、收容潰兵、穩(wěn)定社會秩序的同時，加緊物色和培養(yǎng)了一批積極分子，秘密發(fā)展為中國共產(chǎn)黨黨員。

1937年11月底，趙保明加入中國共產(chǎn)黨，為方山縣第一個黨員。后又有李欽夫、黃志恒、胡獻元、胡成奎等5人加入中國共產(chǎn)黨。

1938年1月建立了方山縣第一個黨支部——峪口黨支部。2月，中共晉西北省委決定成立中共方山縣委。同時建立了犧盟會支部（縣委機關(guān)支部）和馬坊支部。此時，中共方山縣委下屬3個支部。同年5月建立了一區(qū)（馬坊）、二區(qū)（圪洞）、三區(qū)（峪口）3個中共區(qū)委，各區(qū)分別成立了犧盟會、并在圪洞、糜家塔、高家莊、橫泉、赤堅嶺、代坡、溫家莊等地成立了7個黨支部。中共方山縣委隸屬中共臨縣中心縣委領(lǐng)導(dǎo)。全縣10個黨支部，黨員發(fā)展到50余人。

1938年下半年，方山縣工、農(nóng)、青、婦各抗日救國聯(lián)合會相繼成立。1939年春，中共方山縣委隸屬中共臨縣地委領(lǐng)導(dǎo)。

1939年初夏，縣委發(fā)動全縣人民，連續(xù)向閻錫山縣政府進行了三次大請愿，要求貫徹“抗日救國十大綱領(lǐng)”。秋季，方山縣動委會撤銷。

1939年12月，在“晉西事變”中，新軍決死四縱隊、暫一師與趙承綬的騎一軍在赤堅嶺、馬坊等地激戰(zhàn)三天，最后閻軍全部向臨縣榆林溝方向潰逃。從此，方山縣境內(nèi)結(jié)束了兩種政權(quán)、兩種軍隊并存的局面，成為共產(chǎn)黨統(tǒng)一領(lǐng)導(dǎo)下的抗日根據(jù)地。

1938年至1939年，是方山縣黨的組織大發(fā)展時期，截至1939年底，全縣黨員發(fā)展到270多人。

1940年1月，反頑斗爭勝利后，成立了方山縣抗日民主政府，隸屬晉西北第四專署領(lǐng)導(dǎo)。同時，建立了一區(qū)（馬坊）、二區(qū)（圪洞）、三區(qū)（峪口）3個區(qū)政府及村級政權(quán)組織，健全了各級抗日群眾團體，擴大了抗日武裝，壯大了人民抗日力量。各級黨、政、群團組織，積極動員青年參軍參戰(zhàn)、站崗放哨、送情報，人民群眾積極送軍糧軍鞋，支持抗日。四大動員中，方山縣為抗日軍隊獻金、獻糧、征兵、做軍鞋，曾受到中共臨縣地委的表彰。1940年4月以后，中共方山縣委隸屬中共晉西四地委領(lǐng)導(dǎo)。1940年6月，方山縣犧盟分會撤銷后，同時成立了方山縣抗聯(lián)，負(fù)責(zé)領(lǐng)導(dǎo)工、農(nóng)、青、婦各救會的工作。

1940年，日軍先后對方山進行了四次殘酷的大掃蕩。到1941年11月，日軍采用蠶食占領(lǐng)、堡壘推進的戰(zhàn)術(shù)，先后在離嵐公路沿線的峪口、橫泉、圪洞、津良莊、胡堡、方山、馬坊、開府、赤堅嶺設(shè)立9個據(jù)點，侵占了方山大川。為積蓄抗日力量，中共方山縣委、縣政府及其下轄區(qū)委、區(qū)政府轉(zhuǎn)移到西山地區(qū)開展游擊活動，糜家塔、高家莊、代坡、溫家莊4個黨支部基本停止活動，三區(qū)區(qū)委所屬黨員由敵占前的100人減少到6人，一些黨員和黨組織失去了聯(lián)系，有的自行脫黨，方山黨的活動處于低潮。

1942年1月，為有效地開展對敵斗爭，中共晉西區(qū)黨委、晉西北行署決定三區(qū)（峪口）區(qū)委、區(qū)政府歸中共離東縣委、縣政府領(lǐng)導(dǎo)，同時將嵐縣三區(qū)（普明）區(qū)委、區(qū)政府改屬中共方山縣委、縣政府領(lǐng)導(dǎo)，稱嵐三區(qū)。同年春，為壯大抗日力量，擴大抗日根據(jù)地，中共方山縣委從思想、組織、軍事等方面對游擊大隊進行了三個多月的整訓(xùn)，通過整訓(xùn)，游擊隊員堅定了抗戰(zhàn)必勝的信心，提高了軍事素質(zhì)，增強了游擊隊的戰(zhàn)斗力。

1942年冬，根據(jù)黨中央政治局“九一”決定精神，中共方山縣委實行了黨的一元化領(lǐng)導(dǎo)，加強了黨的建設(shè)和對敵斗爭的統(tǒng)一領(lǐng)導(dǎo)，全面開展了抗敵斗爭。晉綏第三軍分區(qū)第十八大隊和三五八旅七一六團的一個支隊來到方山，加強了對敵斗爭的力量。方山縣黨、政、軍、群各級領(lǐng)導(dǎo)轉(zhuǎn)移回東山，堅持村不離村、區(qū)不離區(qū)、縣不離縣的方針，實行堅壁清野，運用地雷戰(zhàn)、伏擊戰(zhàn)、斷糧缺水等多種斗爭形式，打擊敵人，孤立圍困敵偽據(jù)點，使敵人沒有立足之地，敵占區(qū)逐漸成為游擊區(qū)，游擊區(qū)成為根據(jù)地。同年12月，晉綏邊區(qū)實行精兵簡政，中共晉綏三、四地委和三、四專署分別合并為中共晉綏三地委和三專署，中共方山縣委、縣政府隸屬三地委、三專署領(lǐng)導(dǎo)，同時也實行了精減。方山縣工、農(nóng)、青、婦各救會并入抗聯(lián)，分別成為縣抗聯(lián)領(lǐng)導(dǎo)下的一個工作部。

1943年5月，方山縣游擊大隊在敵偽瘋狂的掃蕩中，幾經(jīng)轉(zhuǎn)戰(zhàn)，遭受重挫，縣委被迫于9月轉(zhuǎn)移到西山。12月，為便于工作，中共晉綏三地委、晉綏三專署決定，二區(qū)（圪洞）區(qū)委、區(qū)政府改屬中共離東縣委、縣政府領(lǐng)導(dǎo)，中共方山縣委、縣政府轄方一區(qū)（馬坊）和嵐三區(qū)（普明）2個區(qū)委、區(qū)政府。年底，方山縣區(qū)級以上干部在臨縣開化村參加了中共晉綏三地委組織的整風(fēng)學(xué)習(xí)。

1944年4月，晉綏三地委整風(fēng)結(jié)束。鑒于方山縣大部分區(qū)域被日軍占領(lǐng)，方山各項工作難以開展的實際情況，晉綏邊區(qū)行政公署決定，撤銷方山縣建制。中共方山縣委、方山縣抗日民主政府隨之撤銷，方山縣一區(qū)區(qū)委、區(qū)政府歸中共臨縣縣委、縣政府領(lǐng)導(dǎo)，嵐三區(qū)區(qū)委、區(qū)政府歸嵐縣縣委、縣政府領(lǐng)導(dǎo)，方山縣游擊大隊編入臨縣游擊大隊，但仍活動在方山至赤堅嶺西山一線。

方山縣建制撤銷后，晉綏第三軍分區(qū)給方山派來一支武工隊，并在方山縣成立了三分區(qū)東線對敵斗爭委員會。在當(dāng)?shù)攸h組織的配合下，他們依靠人民群眾大搞地雷戰(zhàn)、游擊戰(zhàn)，瓦解、削弱、圍困、孤立敵偽據(jù)點，迅速擴大了方山根據(jù)地。

1944年9月，連克馬坊、胡堡、開府等據(jù)點，并控制了離嵐公路交通要道。

1945年2月，展開春季攻勢，先后攻破并收復(fù)了峪口、橫泉、方山、赤堅嶺、津良莊、圪洞等日偽據(jù)點。糜家塔、高家莊、代坡、溫家莊的4個黨支部恢復(fù)活動。

1945年3月，方山全境解放后，晉綏邊區(qū)行政公署決定恢復(fù)方山縣建制，成立了中共方山縣委（對外稱方山縣教育處），下設(shè)3個中共區(qū)委。同時，建立了相應(yīng)的縣、區(qū)政權(quán)、軍事、群團領(lǐng)導(dǎo)機構(gòu)，配齊了各級干部。5月，全縣黨員達232人。8月，中共方山縣委下屬3個中共區(qū)委，19個黨支部。全縣僅農(nóng)村黨員就發(fā)展到237人。

1945年8月，抗日戰(zhàn)爭勝利后，中共方山縣委先后隸屬中共晉綏三地委、中共離石地委、中共離石中心縣委領(lǐng)導(dǎo)。

解放戰(zhàn)爭時期，方山縣屬于鞏固的解放區(qū)。全縣人民在中共方山縣委的領(lǐng)導(dǎo)下，積極開展工農(nóng)業(yè)生產(chǎn)、支援前線，為呂梁、晉中、太原等地的解放做出了應(yīng)有的貢獻。

據(jù)統(tǒng)計，方山縣先后有五批共1570余名民兵、民工支前參戰(zhàn)，其中黨員占11.2%，支援了汾（陽）孝（義）、晉中、太原等戰(zhàn)役。盡管在土改運動中，出現(xiàn)“左”的偏向，致使方山縣黨組織的工作一度遭受挫折，但中共方山縣委根據(jù)中共中央關(guān)于土改糾偏的指示，及時進行了糾偏，使土改工作邁上了正確的軌道。期間，中共方山縣委結(jié)合土地改革開展了以查階級、查工作、查斗志和整頓組織、整頓思想、整頓作風(fēng)為主要內(nèi)容的整黨運動，全縣各級黨組織分四期進行了整黨建黨。經(jīng)過整黨，純潔了各級黨組織，進一步壯大了黨的隊伍，提高了黨員的思想覺悟，增強了黨組織的戰(zhàn)斗力，密切了黨和群眾的聯(lián)系。到1948年秋，全縣新發(fā)展黨員80人，黨員總數(shù)由土改前的724人增加到804人。

1949年9月，中共山西省委、山西省人民政府成立后，對全省黨組織和行政區(qū)劃進行了調(diào)整，成立中共興縣地委、興縣專署，中共方山縣委、方山縣政府分別改屬中共興縣地委和興縣專署領(lǐng)導(dǎo)。中共方山縣委仍下屬3個中共區(qū)委，基層黨支部由1946年的23個發(fā)展到26個，中共黨員由解放戰(zhàn)爭初期的237人發(fā)展到1264人，占全縣總?cè)丝诘?.1%。

1949年10月，中華人民共和國成立，方山縣進入了一個新的歷史時期。